Una diferencia, quizás la más importante de todas, con respecto a cualquier sistema operativo comercial, es el hecho de que es software libre, qué quiere decir esto? que junto con el sistema, se puede obtener el código fuente de cualquier parte del mismo y modificarlo a gusto. Ésto da varias ventajas, por ejemplo:
- La seguridad de saber qué hace un programa tan solo viendo el código fuente, o en su defecto, tener la seguridad que al estar el código disponible, nadie va a agregar «características ocultas» en los programas que distribuye.
- La libertad que provee la licencia GPL permite a cualquier programador modificar y mejorar cualquier parte del sistema, ésto da como resultado que la calidad del software incluido en GNU/Linux sea muy buena.
- El hecho de que el sistema sea mantenido por una gran comunidad de programadores y usuarios alrededor del mundo, provee una gran velocidad de respuesta ante errores de programas que se van descubriendo, que ninguna compañía comercial de software puede igualar.
- Al ser software libre, no existe el costo de las licencias, y una copia del sistema GNU/Linux puede instalarse en tantas computadoras como se necesite.
- Existen utilidades para el trabajo en oficina, que son compatibles con las herramientas de la serie MS-Office.
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